El pueblo de San Gregorio Atlapulco se ubica a la orilla meridional del lago de Xochimilco y a 7 Km de distancia de la Delegación del mismo nombre. Sus límites son al Norte con Canal de Chalco; al Sur con Milpa Alta; al este con el pueblo de San Luis Tlaxialtemalco y al oeste con el pueblo de Santa Cruz Acalpixca. La superficie territorial de San Gregorio Atlapulco abarca una extensión de 8 Kms. de norte a sur y 6 Kms. de este a oeste. Los barrios tradicionales son: San Juan Minas, San Juan Moyotepec, La Soledad, San Antonio, Chalma, La Guadalupita, Los Reyes, San Miguel, Atenco, San Martín Caballero, La Cruz, 5 de Mayo, San Andrés, Santa Cecilia, La Asunción, San Sebastián, El Calvario, San José, La Conchita, San Judas, San Francisco, El Arco, Tepeyac y Cristo Rey
